Está conformado por la SIGEN, órgano normativo, de supervisión y coordinación, y por las Unidades de Auditoría Interna que serán creadas en cada jurisdicción y en las entidades que dependan del Poder Ejecutivo Nacional. Estas unidades dependerán, jerárquicamente, de  la autoridad superior de cada organismo y actuarán coordinadas técnicamente por la SIGEN.