Un fallo dictado por el conjuez Federal de Comodoro Rivadavia, José Eduardo Conde, determinó la inconstitucionalidad del artículo 5º del decreto 971/93 de la ley 24.156, que trata sobre la estabilidad impropia del Auditor Interno, al considerar que dicha reglamentación contraría al derecho marco que la sustenta. El decreto establece que "el Auditor Interno no gozará de estabilidad en el cargo y podrá ser removido por la autoridad máxima de la jurisdicción o entidad, la que deberá ser comunicada a la Sindicatura General de la Nación".

El actor de la acción judicial, el Auditor Interno de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco, Carlos Eduardo Padin, fue removido de su cargo luego de elaborar un informe acerca de las contrataciones de obras, dónde fueron detectadas serias irregularidades. A raíz de ello, el rector de la Universidad decidió llamar a concurso externo para reemplazarlo e impuso como requisito mínimo que el aspirante tenga título de Contador Público. Así, Padín quedó excluido por ser Licenciado en Economía.

El Auditor justificó y probó que su desplazamiento fue una represalia del rectorado de la casa de estudios por el informe que había procesado y, que la medida reflejó la inexistencia de un ambiente de control adecuado. En 2006 el conjuez Federal resolvió que se disponga la reincorporación de Carlos Eduardo Padin al cargo de titular de la Unidad de Auditoría Interna de la Universidad, por considerarla como una exclusión arbitraria.

En el mismo fallo, el conjuez impugnó el artículo 5º del decreto nacional 971/93 al creer que “la norma reglamentaria contraría el espíritu de la ley que le sirve de fuente e inspiración, cuyo fin es regular la administración financiera y los sistemas de control del sector público nacional a través de la SIGEN”, y agregó: “Al establecer el decreto reglamentario que los auditores habrán de ser designados y removidos por la autoridad del ente o jurisdicción en el que actúen, queda en evidencia palmaria la intención de crear los mecanismos que vulneren el pretendido control”.

Asimismo, el magistrado añadió que “la norma carece de sentido lógico, y despierta sospechas acerca de las genuinas razones de su creación”, y concluyó que entender el decreto en estos términos es “absurdo e irracional”.