En el ejercicio de sus funciones, el Tribunal de Cuentas se encontró con varios impedimentos para el control del gasto de las regalías mineras. Una de ellas fue el vacío legal que existe en el artículo quinto de la ley 5.128 cuando expresa que esos recursos se invertirán en "obras de infraestructura para el desarrollo económico y capacitación para actividades productivas", que finalmente quedó librado a la interpretación de una acordada del Tribunal.

También la complicidad de los jefes comunales con algunos Concejos Deliberantes afines que sancionaron su propia legislación local para justificar la inversión y la última estrategia- y la más usada - es la de escaparse ante la presencia de los auditores. 

Desde el organismo de control relataron con preocupación que en varios casos llegan a los municipios y encuentran que los jefes comunales lo cierran para no que dar obligados a brindar la información. Al mismo tiempo desaparecen los funcionarios vinculados al área de Hacienda para impedir el acceso al archivo del municipio. 

Estas situaciones generan demora y un gasto injustificado por las comisiones de servicios y viáticos que se pagan a los auditores que deben volver una y otra vez para requerir la documentación respaldatoria. 

Hace pocos días hubo una polémica entre el Poder Ejecutivo y el Tribunal de Cuentas cuando el subsecretario de Asuntos Municipales, Miguel Vázquez Sastre, consideró que las auditorías elaboradas eran "confusas" para aplicar la sanción de restringir el envío de fondos a las comunas en caso de irregularidades comprobadas. El organismo salió al cruce al indicar que no es su facultad determinar a qué municipios corresponde suspender el envío de fondos mineros. Ante la falta de actuación del Poder Ejecutivo, fueron los Concejos Deliberantes los que comenzaron a tomar acciones con la suspensión de los intendentes tal el caso de Recreo y San José y en base a los resultados de las auditorías por objetivos.