De acuerdo a la Ley 24156 que estipula su funcionamiento, debe: aprobar, junto con las comisiones de presupuesto y hacienda de ambas Cámaras, el programa de acción anual  de control externo que desarrolla la AGN; analizar el proyecto de presupuesto anual de la AGN y remitirlo al Poder Ejecutivo para su incorporación en el Presupuesto General de la Nación; encomendar a la AGN la realización de estudios, investigaciones y dictámenes especiales sobre materias de su competencia  fijando los plazos para su realización; requerir a la AGN toda información que estime oportuno sobre  las actividades realizadas por dicho ente; analizar los informes periódicos de cumplimiento del programa de trabajo aprobado, efectuar las observaciones que pueden merecer e indicar las modificaciones que estime sobre las actividades  realizadas por dicho ente; analizar la memoria anual que la AGN deberá elevar antes del 1º de Mayo de cada año.

La Comisión está conformada por seis senadores y seis diputados cuyos mandatos deben durar hasta la siguiente renovación de la Cámara a la que pertenezcan y serán elegidos  simultáneamente en igual forma que los miembros de las comisiones permanentes. Cuenta con un presidente, un vicepresidente y un secretario que pueden ser reelectos.