La Auditoría General de la Nación (AGN) avisó a la ONCCA lo que estaba por suceder: el 18 de setiembre de 2009 envió a ese organismo un puntilloso informe que advertía que su sistema de administración de la información ofrecía un altísimo riesgo de ineficiencia y hasta de corrupción. Ese aviso fue desoído por los funcionarios que por entonces respondían al titular de la AFIP, Ricardo Echegaray. Y coincidió con los múltiples pagos irregulares de subsidios a feed lots denunciados por Clarín, que todavía deben ser investigados por la justicia. 

"Existen riesgos altos de falta de eficiencia". "La información está sometida a riesgos que superan los valores aceptables". De ese tenor eran las observaciones que realizó la AGN a la ONCCA, que por entonces era conducida formalmente por el contador Emilio Eyras pero que en los hechos respondía a Echegaray. En rigor, tanto su personal como el equipo informático habían sido mudados al organismo recaudador.

La auditoría sobre "Tecnologías de la Información" aplicadas por la ONCCA, que desde 2007 tiene a su cargo el pago de millonarias compensaciones a diversas industrias alimentarias, tropezó justamente con ese problema. Debido a un convenio de cooperación firmado en febrero de 2009 por ambos organismos, la ONCCA desmanteló su área informática para ceder por completo su manejo a la AFIP. Los auditores lo admitieron: "No se pudo mantener reuniones con los jefes de operaciones y seguridad por cuanto esas funciones las está cumpliendo la AFIP".

De todos modos, fueron innumerables las observaciones. Y la mayoría, tildadas como "graves". Por caso, apuntó que "los roles de las distintas funciones del área informática no están formalmente definidos". Agregó que "la estructura del organismo es totalmente informal y no hay un área específica de seguridad informática". Y completó: "Todo el personal del área es contratado y es gestionado por dos agentes de la AFIP". 

Sobre este punto, la Auditoría criticó especialmente que la ONCCA haya descargado en la Fundación ArgenInta la responsabilidad de contratar el personal y el equipamiento para su sector informático. En rigor, todos los contadores y abogados que desembarcaron en esa Oficina junto a Echegaray era "contratados" y no personal de planta del Estado.

La AGN también detecto algunas fallas en el sistema "Jauke", impuesto por Echegaray en agosto de 2008 para reemplazar el sistema informático de la ONCCA. Hasta hoy ese programa es usado tanto en ONCCA como en AFIP.

El momento en que la Auditoría entregaba su informe coincide con las primeras irregularidades detectadas, como el pago de 1 millón de pesos a un changarín de Mar del Plata. Por entonces ya existía además una oficina paralela a la ONCCA para negociar "retornos".

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Antecedentes El 10 de setiembre de 2009, Clarín denunció el pago irregular de un subsidio a un feed lot de Carlos Casares. En tres días, cobró $ 10 millones.

Diez días después se supo que el humilde changarín Benjamín Tapia fue usado para desviar $ 1 millón. Había otra docena de casos similares.

Los diputados de la oposición denunciaron que había una oficina paralela a la ONCCA, desde se tramitaban subsidios.