La Auditoría General de la Nación aprobó en 2016 un informe que evaluó el Plan de Extinción Cero de la Dirección de Fauna Silvestre y Conservación de la Biodiversidad (DFSyCB) que se encuentra bajo la órbita de la actual Secretaría de Ambiente y Desarrollo Sustentable. El trabajo de los auditores reflejaba que “sólo se realizaron acciones de conservación en siete tipos de especies, lo que representaba el 2,7% del total”.

El trabajo mencionaba que bajo el Programa de Conservación de Especies Amenazadas "los ejemplares seleccionados para preservar eran 12 y representaban el 4,7% del total de especies vulnerables”. Cuando se puso en marcha el Plan de Extinción Cero "la fauna objeto de las acciones en lugar de incrementarse progresivamente, se redujo de 12 a siete" concluía el organismo de control. 

La Dirección Nacional de Biodiversidad sumó 35 personas a la planta de empleados.

Desde la Secretaría de Ambiente explicaron que "el Plan está enmarcado del Programa Nacional de Conservación de Especies Amenazadas, que sigue vigente, y en ningún caso lo reemplaza. Pone el foco en la inversión de recursos nacionales para acelerar acciones de conservación sobre algunas especies en estado crítico. Lo que no significa que el abordaje y responsabilidades del trabajo se acote únicamente a estas siete especies. Son en las que se está invirtiendo mayor presupuesto. Con lo cual, lo que hicimos fue sumar y no reducir ni excluir especies”.

El informe de la AGN, que evaluó el funcionamiento del plan entre enero de 2011 a marzo de 2016, dejó en claro que “los recursos humanos disponibles eran insuficientes” ya que el área contaba con 12 técnicos para controlar la gran cantidad de especies amenazadas.

Al respecto, desde el organismo auditado informaron que la Dirección Nacional de Biodiversidad sumó 35 personas a la planta de empleados ya existente dentro del Plan Extinción Cero y del Programa Nacional de Especies Amenazadas.

El trabajo de la Auditoría señaló que "la difusión es una de las principales líneas de acción para evitar la extinción de las especies en peligro" luego de advertir que no existía evidencia de una planificación adecuada para el programa.

En relación a este punto, El Auditor.info se comunicó con la Asociación Aves Argentinas. Su director, Hernán Casañas, destacó como “positivo” el lanzamiento del Plan Extinción Cero y afirmó que “hay un dialogo más amplio que en gestiones anteriores, estamos trabajando conjuntamente en los problemas puntuales de radicación de especies exóticas. Hoy existe un vínculo que antes era más raro”, aseguró.